La partie intérieure de l'église de l'abbaye de Murbach comprend uniquement le choeur et le transept de l'ancienne abbatiale, la nef ayant été détruite au XVIIIe siècle et non reconstruite faute de moyens. Le choeur de l'édifice est munie de chapelles latérales à étages comme les bras du transept. La partie centrale du choeur, d'une hauteur de 19 mètres, comprend une chaire en bois et un maître-autel surmonté d'un retable triptyque réalisé en 1986 par Jean-Paul Koenig. Les vitraux des grandes verrières cintrées ont été réalisés en 1997 par le maître verrier M. Courageux. Les voûtes sur croisée d'ogives reposent sur les murs latéraux qui comprennent également des doubles fenêtres géminées. La chapelle de chevet Nord abrite le tombeau des moines martyrisés par les Hongrois en 926, il est recouvert d'une dalle baroque de 1706. Cette chapelle comprend également les statues en bois polychrome du XVIIIe siècle de Saint Michel, Saint Corneille et Saint Léger qui elle, daterait de 1500. Quant à la chapelle de chevet Sud, elle est décorée d'une statue de la Vierge à l'Enfant, elle accueille également les fonts baptismaux, un beau pupitre en chêne clair et l'orgue. Au fond du bras Sud du transept se trouve le gisant du comte Eberhard, dans un enfeu de 1875, il est représenté comme un noble du XIIIe siècle. Le bras Nord du transept comprend un Christ en Croix qui provient d'un oratoire proche de l'abbaye. Quant à l'orgue de tribune, il a été réalisé en 1906 par Martin et Joseph Rinckenbach, dans un buffet sculpté par le menuisier mulhousien Boehm. Le buffet d'orgue est inscrit aux Monuments Historiques depuis le 18 décembre 1992 et la partie instrumentale depuis le 20 octobre 1994.